Organizačná štruktúra RPIC Prešov je prispôsobená potrebe efektívne zabezpečovať štandartné služby pre malých a stredných podnikateľov.

V roku 2009 v RPIC Prešov pracovalo 10 interných pracovníkov. Centrum spolupracuje približne s 20 stálymi externými pracovníkmi. Pre zabezpečovanie efektívneho fungovania centra niektoré interné funkcie sú vhodne kumulované, tak aby všetky sekcie dostatočne zabezpečovali služby pre cieľové skupiny klientov.